Климат северной части М. субэкваториальный, южной - тропический пассатный. Средняя температура января на Мозамбикской низменности от 26 до 30 °С, июля от 15 до 20 °С. На плоскогорье как зимой, так и летом температура на 3-5 °С ниже. Годовое количество осадков 750-1000 мм на плоскогорье и в юж. части Мозамбикской низменности, до 1500 мм и более в северной части низменности и на наветренных склонах Восточно-Африканского плоскогорья, уступа Иньянга и гор Лебомбо.